Rytm duszpasterskiej pracy i tok dalszych działań budowlano-adaptacyjnych przerwał wybuch II wojny światowej. 22 listopada 1939 r. został przez Niemców wywieziony proboszcz – ks. Nowakowski. Krótko zastępowali go wikariusze – ks. Ignacy Subera i ks. Tomasz Malepszy. W styczniu 1940 r. kościół został zamknięty i zamieniony na magazyn. Składowano w nim książki zrabowane z różnych bibliotek i domów prywatnych. Ich liczbę szacuje się na 1,5-2 miliony. Zabudowania mieszkalne przydzielono pracownikom uniwersytetu niemieckiego. 9 kwietnia 1944 r. został bardzo poważnie uszkodzony dach, mury kościoła i jego wnętrze podczas bombardowania Poznania przez angielskie samoloty 8 Armii Powietrznej należące do Sił Powietrznych Armii Stanów Zjednoczonych Ameryki Północnej. Zapewne straty byłyby większe gdyby nie stosy książek amortyzujące siłę wybuchu.