Konsekracja kościoła stanowiła zwieńczenie długiego etapu jego tworzenia. Dokonał jej metropolita poznański arcybiskup Antoni Baraniak 1 października 1960 roku. Była to pierwsza po II wojnie światowej konsekracja kościoła w Poznaniu. Wigilię konsekracji parafianie przeżywali na modlitwie, w ścisłym poście i abstynencji. W dniu konsekracji Arcybiskup najpierw poświęcił mury kościoła na zewnątrz, po czym procesjonalnie wniesiono do świątyni relikwie Męczenników – św. Harkalamusa, biskupa Perugii zamordowanego za czasów cesarza Dominicjana (540r.) oraz św. Maurusa zamęczonego za rządów cesarza Waleriana (357r.). Następnie Arcybiskup dokonał namaszczenia ołtarza i ścian oraz poświęcenia szat i sprzętu liturgicznego. Uroczystość konsekracji upamiętnia okolicznościowa tablica umieszczona na ścianie kościoła w pobliżu wejścia z zakrystii do świątyni. 2 października, świętujący 30-lecie swoich święceń kapłańskich i 3 rocznicę pasterzowania w archidiecezji, Arcybiskup-Metropolita poświęcił nowo wybudowaną wieżę kościelną.

Konsekracja kościoła i ołtarza jest dla biskupa wielkim przeżyciem – wyznał w specjalnym liście do świętomichałowej wspólnoty parafialnej dostojny Konsekrator. Jak feniks z popiołu wyrosło ze zgliszcz pożogi wojennej piękne sanktuarium ku czci Świętego Michała Archanioła, a przyodziane wiarą i miłością serc Waszych, jest dziś chlubą kościołów biskupiego miasta Poznania.

Dodać należy, że po konsekracji wystrój wnętrza górnego kościoła uległ, zgodnie z duchem Soboru Watykańskiego II, tylko bardzo niewielkim zmianom. Do prezbiterium wprowadzono wolno stojący i bogaty rzeźbą ołtarz oraz oryginalną w rzeźbie chrzcielnicę. Istotnym dodatkiem jest także umieszczenie w roku 2000, po prawej stronie świątyni, obrazu Jezusa Miłosiernego oraz portretów beatyfikowanych parafian – Natalii Tułasiewicz i ks. Mariana Konopińskiego. Wszystkie są dziełem Danuty Waberskiej, znamienitej poznańskiej malarki.